決済代行会社おすすめ比較｜料金体系・比較ポイント・選び方を解説
ECサイトやBtoB取引、継続課金サービスなどを運営するなかで、「支払い方法を増やしたい」「請求や入金確認の手間を減らしたい」と感じる場面は少なくありません。
そのようなときに検討されるのが、クレジットカード決済や口座振替、コンビニ決済、銀行振込、後払い決済などをまとめて導入・管理できる決済代行会社です。
一方で、サービスの種類が多くどの会社を選べば良いのかわからない方も多いでしょう。料金体系や対応できる決済手段は会社によって異なり、ECサイト向け、実店舗向け、BtoB向け、継続課金向けなど、得意領域にも違いがあります。
本記事では、決済代行会社の仕組みや料金体系、比較すべきポイントを整理したうえで、タイプ別のおすすめサービスを紹介します。自社に合う決済代行会社を見極めるための判断材料として、ぜひ参考にしてください。
目次
決済代行会社とは？複数の決済手段をまとめて導入できるサービス
決済代行会社とは、事業者とカード会社、金融機関、コンビニ決済事業者などの決済機関の間に入り、複数の決済手段をまとめて導入・管理できるサービスです。
決済代行会社によって対応範囲は異なりますが、主に以下のような決済方法に対応しています。
- クレジットカード決済
- 口座振替
- コンビニ決済
- 銀行振込
- 後払い決済
事業者がそれぞれの決済機関と個別に契約し、審査やシステム接続を進める場合、手続きや管理の負担が大きくなりがちです。
決済代行会社を利用することで、複数の決済手段を個別に契約・管理する負担を減らせます。さらに、決済データや入金情報を管理画面で確認できるため、経理担当者の確認作業が楽になるのも特徴です。
決済代行会社の料金体系｜比較すべき費用項目
決済代行会社の料金は、月額費用だけで決まるものではありません。
サービスによって料金体系は異なりますが、導入時にかかる費用、毎月発生する固定費、決済ごとに発生する手数料など、いくつかの項目に分かれます。表面上は安く見えても、利用する決済手段や取引件数によって、実際の負担額が変わることがあります。
ここでは、決済代行会社を比較する際に確認しておきたい主な費用項目を整理します。
初期費用・月額費用
初期費用は、サービス導入時の設定、審査、システム接続などにかかる費用です。決済画面の設定や外部システムとの連携が必要な場合、導入時にまとまった費用が発生することがあります。
月額費用は、管理画面や決済システムを継続して利用するための固定費です。取引件数が少ない事業者の場合、毎月の固定費が負担になることもあります。
決済手数料・トランザクション費用
決済手数料は、決済金額に応じてかかる費用です。多くの場合、「決済金額の◯％」という形で料率が設定されており、売上金額が増えるほど手数料額も大きくなります。
クレジットカード決済、口座振替、コンビニ決済、後払い決済など、利用する決済手段によって手数料率や費用の発生条件は異なります。
さらに、サービスによっては、決済処理1件ごとにトランザクション費用がかかる場合があります。 1件あたり◯円のように設定されることが多く、決済金額が小さくても、処理件数が多ければ費用が積み上がります。
そのため、初期費用や月額費用が無料でも、必ずしも総コストが安くなるとは限りません。料金を比較する際は、月間取引件数と平均決済単価をもとに、実際にかかる費用を試算しておくと安心です。
決済代行会社はタイプによって得意領域が異なる
決済代行会社は、どのサービスを選んでも同じように使えるわけではありません。
対応している決済手段や機能はサービスによって異なるため、自社の販売形態や取引先の支払い方法に合うサービスを選ぶことが大切です。
例えば、ECサイトでは購入者が使いやすい支払い方法や、ECカートとの連携機能が重要です。一方、BtoB取引では、法人間の支払い条件に合うかどうかが確認ポイントになります。個人向けのEC決済や店頭決済とは異なり、請求書払い、掛け払い※、銀行振込、口座振替などが求められることもあります。
自社の業務に合わない決済代行会社を選ぶと、導入後も手作業や確認作業が残りやすくなります。サービス名だけで比較するのではなく、自社の取引の流れに合うかどうかを見ておきましょう。
※掛け払い：商品やサービスの提供後に、請求書などをもとに後日代金を支払う取引方法
決済代行会社を選ぶときのポイント
決済代行会社を選ぶ際は、対応している決済手段の多さだけで判断しないことが大切です。
導入後に「思ったより確認作業が多い」「必要な支払い方法に対応できない」とならないよう、事前に確認すべきポイントを整理しておきましょう。
自社に必要な決済手段に対応しているか
まず確認したいのは、自社の顧客や取引先が使いやすい決済手段に対応しているかです。
ECサイトでは、クレジットカード決済、ID決済（Amazon Payや楽天ペイなどのアカウントを使った決済）、コンビニ決済、後払い決済などが利用されやすい傾向があります。 実店舗では、クレジットカード決済に加えて、電子マネーやQRコード決済への対応も重要です。
一方、BtoB取引では、請求書払い、掛け払い、銀行振込、口座振替など、取引先の支払い条件に合う方法に対応できるかを確認しましょう。 取引先が希望する支払い方法に対応できれば、購入や契約の機会損失を防ぎやすくなります。
入金サイクルと管理画面の使いやすさ
入金サイクルも、導入前に確認しておきたいポイントです。
売上が発生してから実際に入金されるまでの期間が長いと、資金繰りに影響する可能性があります。特に、月末に支払いが集中する企業や、継続的に請求が発生する事業では、入金予定を把握しやすい仕組みが必要です。
また、複数の決済手段を扱う場合は、決済状況や入金予定を一覧で確認できる管理画面があると便利です。画面が使いにくいと、導入後も経理担当者の確認作業が増えてしまいます。
請求・与信・未回収リスクまで代行しているか
BtoB向けの決済代行会社を選ぶ場合は、決済手段だけでなく、請求業務の代行範囲も確認する必要があります。
掛け払いに対応する場合、取引先の与信審査を自社で行うのか、サービス側に任せられるのかで運用負担は変わります。さらに、請求書発行、入金確認、督促まで代行できるサービスであれば、経理業務の手間を減らしやすくなります。
未回収リスクに備える仕組みがあるかどうかも重要です。法人取引では、手数料の安さだけでなく、請求から回収までの業務全体をどこまで効率化できるかを基準に比較しましょう。
タイプ別｜おすすめの決済代行会社を比較
ここからは、利用シーン別におすすめの決済代行会社を紹介します。
BtoB向けの決済代行会社
BtoB向けの決済代行会社は、法人取引で発生する請求書払い・掛け払いに対応したサービスです。
ここでは、掛け払いの導入や請求業務の効率化を検討している企業向けに、代表的なサービスを紹介します。各サービスの強みや向いている企業を比較しながら、自社に合うものを確認してみましょう。
Paid
（画像参照元：Paid）
Paidは、BtoB取引向けの企業間決済サービスです。与信管理、請求書発行、代金回収、入金確認、消込、督促など、掛け払いに関わる業務をまとめて代行します。
強みは、導入実績の多さです。Paidの導入企業数は5,500社を突破し、購入会員数は60万社を超えています。また、2024年度の利用継続率は99.4％とされています。
さらに、取引先が未払いになった場合でも、Paidが代金を100％保証する点も強みです。 掛け払いを導入したいものの、与信判断や未回収リスクに不安がある企業でも、請求・回収業務を外部に任せながら取引を進めやすくなります。
- 主な決済手段：請求書払い、銀行振込、口座振替、コンビニ払い
- 強み：導入企業数5,500社超、購入会員数60万社超、利用継続率99.4％の実績に加え、未入金時の100％代金保証に対応
- 向いている企業：掛け払いを導入しながら、請求・回収業務の負担と未回収リスクを抑えたい企業
NP掛け払い
（画像参照元：NP掛け払い）
NP掛け払いは、企業間の後払い決済・請求代行に対応したサービスです。与信、請求書発行、代金回収、入金管理、督促、問い合わせ対応などを任せられます。
強みは、与信審査のスピードと通過率の高さです。公式サイトでは、与信審査の結果は最短即時で回答、与信通過率は99％とされています。新規取引先にも掛け払いを案内しやすく、受注機会の損失を防ぎたい企業に向いています。
- 主な決済手段：請求書払い（銀行振込、口座振替、コンビニ払い）
- 強み：与信審査は最短即時、与信通過率99％で、掛け払いを案内しやすい
- 向いている企業：新規取引先にも掛け払いを提供し、受注機会を広げたい企業
マネーフォワード 掛け払い
（画像参照元：マネーフォワード 掛け払い）
マネーフォワード 掛け払いは、企業間後払い決済と請求代行に対応したサービスです。与信審査、請求書発行、入金管理などを代行し、入金保証にも対応しています。
強みは、マネーフォワード クラウドとの連携により、請求・入金・会計処理の流れを整理しやすい点です。マネーフォワード クラウド会計やマネーフォワード クラウド請求書など、周辺システムとの連携も可能です。
- 主な決済手段：銀行振込、口座振替、カード払い、コンビニ払いなど
- 強み：マネーフォワード クラウドと連携し、請求・入金・会計処理を整理しやすい
- 向いている企業：マネーフォワード クラウドを利用しており、請求代行と会計業務をあわせて効率化したい企業
クロネコ掛け払い
（画像参照元：クロネコ掛け払い）
クロネコ掛け払いは、ヤマトクレジットファイナンスが提供するBtoB向けの掛け払いサービスです。与信、請求書発行、集金、入金管理、督促などをまとめて代行します。
強みは、ヤマトグループの金融サービスとして、請求業務の効率化に加えて売掛金保証や早期資金化まで相談しやすい点です。
- 主な決済手段：BtoB取引の掛け払い
- 強み：ヤマトグループの金融サービスとして、請求業務の効率化に加え、売掛金保証や早期資金化まで相談しやすい
- 向いている企業：商品納品後の請求・回収業務を外部化し、売掛金保証も活用したい企業
ECサイト向けの決済代行会社
ECサイト向けの決済代行会社は、オンライン上で商品やサービスを販売する企業に向いています。
比較する際は、決済手段の多さだけでなく、利用しているECカートとの相性、導入のしやすさ、将来的な取引量の増加に対応できるかを確認することが大切です。小規模なECサイトと大規模なECサイトでは、重視すべきポイントも変わります。
SBペイメントサービス
（画像参照元：SBペイメントサービス）
SBペイメントサービスは、ソフトバンクグループの決済代行会社です。ECサイトやオンラインサービス向けに、各種決済サービスを提供しています。
強みは、対応している決済手段が多い点です。クレジットカード決済に加えて、PayPay、キャリア決済、コンビニ決済、楽天ペイなど、ECサイトで利用されやすい決済手段をまとめて導入できます。
- 主な決済手段：クレジットカード決済、PayPay、キャリア決済、コンビニ決済、楽天ペイなど
- 強み：多様な決済手段に対応し、購入者に合わせて支払い方法を増やしやすい
- 向いている企業：ECサイトで幅広い決済手段を用意し、購入前の離脱を防ぎたい企業
GMOペイメントゲートウェイ
（画像参照元：GMOペイメントゲートウェイ）
GMOペイメントゲートウェイは、ECサイトやオンラインサービス向けに、多様な決済手段を提供する決済代行会社です。クレジットカード決済、コンビニ決済、銀行振込、PayPay、d払い、楽天ペイ、Amazon Payなどに対応しています。
強みは、決済手段の追加だけでなく、EC事業の成長に合わせた決済基盤を整えやすい点です。単に支払い方法を増やすだけでなく、事業拡大を見据えて決済環境を整えたい企業に向いています。
- 主な決済手段：クレジットカード決済、コンビニ決済、銀行振込、PayPay、d払い、楽天ペイ、Amazon Payなど
- 強み：多様なオンライン決済に対応し、取引量の増加を見据えた決済基盤を整えやすい
- 向いている企業：取引量の増加を見据えて、安定した決済環境を整えたいEC事業者
KOMOJU
（画像参照元：KOMOJU）
KOMOJUは、オンライン決済を比較的シンプルに導入できる決済代行サービスです。クレジットカード決済、コンビニ決済、銀行振込、PayPayなど、国内のECサイトで使われやすい決済方法に対応しています。
強みは、初期費用・月額費用をかけずに始めやすい点です。公式サイトでは、初期費用と月額費用が無料で、審査から導入まで最短即日で完結すると案内されています。
- 主な決済手段：クレジットカード決済、コンビニ決済、銀行振込、PayPayなど
- 強み：初期費用・月額費用無料で、ECサイトにオンライン決済を導入しやすい
- 向いている企業：固定費を抑えながら、ShopifyやWooCommerceなどに決済手段を追加したい企業
実店舗向けの決済代行会社
実店舗向けの決済代行会社は、店頭でのキャッシュレス決済に対応したい店舗に向いています。
比較するときは、対応している決済ブランドだけでなく、端末の使いやすさ、POSレジとの連携、店舗運営に必要な機能まで確認しましょう。飲食店、小売店、美容室、クリニックなど、業種によって使いやすいサービスは異なります。
Square
（画像参照元：Square）
Squareは、実店舗向けのキャッシュレス決済サービスです。クレジットカード決済や電子マネー、QRコード決済に対応し、無料POSレジやオンライン決済なども利用できます。
強みは、決済だけでなく、店舗運営に必要な機能をまとめて使いやすい点です。POSレジ、ネットショップ、顧客管理、予約管理なども利用できるため、小規模店舗でも売上管理や顧客対応を整理しやすくなります。
- 主な決済手段：クレジットカード決済、電子マネー、QRコード決済
- 強み：決済に加えて、POSレジ、在庫管理、顧客管理、予約管理などの店舗運営機能を使いやすい
- 向いている企業：小規模店舗や個人事業主で、決済と店舗管理をまとめて整えたい企業
STORES 決済
（画像参照元：STORES 決済）
STORES 決済は、実店舗向けのキャッシュレス決済サービスです。クレジットカード決済、電子マネー、QRコード決済などに対応し、専用端末とアプリを使って店頭決済を受け付けられます。
強みは、STORESの各サービスと組み合わせて、店舗運営を一体で管理しやすい点です。ネットショップ、予約システム、キャッシュレス決済、POSレジ、モバイルオーダーなどを、ひとつのアカウントで利用できます。
- 主な決済手段：クレジットカード決済、電子マネー、QRコード決済
- 強み：STORES レジ、ネットショップ、予約システムなどと組み合わせて使いやすい
- 向いている企業：実店舗、ネットショップ、予約受付をまとめて管理したい店舗
stera pack
（画像参照元：stera pack）
stera packは、実店舗向けのキャッシュレス決済サービスです。1台の端末で、クレジットカード、電子マネー、QRコード決済など30種類以上の決済手段に対応できます。
強みは、多様な決済手段を1台の端末にまとめられる点と、店舗向けのサポートが充実している点です。公式サイトでは、24時間365日の受付サポート、修理・交換無料、レシートロール紙無料などが案内されています。
- 主な決済手段：クレジットカード決済、電子マネー、QRコード決済など30種類以上
- 強み：1台の端末で30種類以上のキャッシュレス決済に対応でき、店舗向けサポートも用意されている
- 向いている企業：レジまわりを整理しながら、幅広いキャッシュレス決済に対応したい実店舗
決済代行会社は自社の課題に合うサービスを選ぼう
決済代行会社を選ぶときは、まず自社が何に困っているのかを整理することが大切です。
例えばBtoB取引では、「掛け払いを導入したい」「請求書発行に時間がかかっている」「入金確認や督促の負担を減らしたい」「未回収リスクを抑えたい」など、課題によって選ぶべきサービスは変わります。料金や対応決済だけで比較すると、導入後に必要な業務が残ってしまうこともあります。
決済代行会社は、単に支払い方法を増やすためだけのサービスではありません。
自社の販売形態や業務課題に合うサービスを選ぶことで、顧客や取引先にとって支払いしやすい環境を整えながら、社内の経理・管理業務も効率化しやすくなります。
特にBtoB取引で、掛け払いの導入や請求・回収業務の負担に悩んでいる場合は、Paidのように与信管理から請求書発行、入金確認、督促、代金保証まで対応できるサービスを検討すると良いでしょう。
